列奥纳多和女儿维多利亚制造出了反物质，用于证明创世纪确实存在，可是反物质也是威力巨大的杀伤性武器。
梵蒂冈教皇想要资助列奥纳多的科学研究，因为他多年前曾受益于试管婴儿，在保持独身的情况下得到了儿子（教皇内侍）。
教皇内侍得知教皇有儿子时，信仰崩塌，毒杀教皇，偷走反物质，让黑煞星杀掉列奥纳多，并伪装成光照派的手笔。他们劫走四个红衣主教，将其杀害，并在胸口烙上光照派的标记。他在最后时刻将反物质带到了天空，避免了对梵蒂冈造成伤害。企图让人们相信他能够直接与上帝对话，最终谎言被戳破，他浴火而亡。
欧核中心主任多勒找来符号学专家兰登与维多利亚一起，希望找回反物质，减少其对世界的伤害。由于教皇内侍这个奸细的存在，他们无法阻止红衣主教被害，兰登与教皇内侍一起坐上直升飞机，他中途坠机，活了下来。身上带着多勒留给他的录像，得知了教皇内侍才是制造这一切的幕后大boss，并将真相公之于众。最后，兰登与维多利亚幸福地在一起了。